Các các kho tiếp nhận hàng ở các quận/huyện thuộc nhiều tỉnh thành, thì Shopee Express có hệ thống các tổng kho phân loại, trung chuyên hàng hoá sau
- Kho BW SOC: Khu công nghiệp Tân Phú Trung, Quốc lộ 22, ấp Trạm Bơm, xã Tân Phú Trung, huyện Củ Chi, TP. Hồ Chí Minh
- Kho DANANG SOC: quận Liên Chiểu, TP. Đà Nẵng
- Kho BN HUB: Địa chỉ tại Từ Sơn, Bắc Ninh
- Kho huyện Mê Linh J&T: Mê Linh, Hà Nội
- Kho Nghĩa Ô Shopee: Trung Quốc
